L'Instruction du Gouvernement du 3 juin 2015 relative à la cartographie et l'identification des cours d'eau et à leur entretien, fixe qu'afin de mieux connaître les parties du réseau hydrographique qui doivent être considérées comme des cours d'eau, les services établiront des cartographies complètes. La totalité du département est couverte par une cartographie progressive où figure une première détermination de cours d’eau. Les écoulements non cartographiés ou figurant en « indéterminés » doivent faire l’objet d’une demande d’expertise préalable à la DDT "bureau police de l'eau" avant toute intervention à l’aide des formulaires en ligne. La qualification de cours d'eau concerne l'application des articles L.214-1 à L.214-6 du code de l'environnement et repose sur les trois critères cumulatifs de la définition des cours d'eau de la jurisprudence du Conseil d’État du 21 octobre 2011 : - la présence et la permanence d'un lit, naturel à l'origine (distinguant ainsi un cours d'eau d'un canal ou d'un fossé creusé par la main de l'homme mais incluant dans la définition un cours d'eau naturel à l'origine mais rendu artificiel par la suite, sous réserve d'en apporter la preuve) ; - un débit suffisant une majeure partie de l'année (apprécié au cas par cas par le juge en fonction des données climatiques et hydrologiques locales et à partir de présomptions au nombre desquelles par exemple l'indication du « cours d'eau» sur une carte IGN ou la mention de sa dénomination sur le cadastre) ; - l'alimentation par une source. Attention : des incohérences peuvent exister aux frontières des départements. Un gros travail de mise en cohérence a été fait. Il peut cependant encore exister des parties non vues. Les cours d'eau sont identifiés selon la jurisprudence du 21/10/2011 du Conseil d’État : "constitue un cours d'eau, un écoulement d'eaux courantes dans un lit naturel à l'origine, alimenté par une source et présentant un débit suffisant une majeure partie de l'année". Ce classement évoluera au fil du temps sur la base des expertises sollicitées auprès des DDT par les porteurs de projet. Cette couche comprend l'ensemble de la connaissance sur les écoulements par départements en BFC. Les mises à jour sont faites une fois par an pour la campagne culturale à venir.
Cours d'eau soumis à la loi sur l'eau en Bourgogne-Franche-Comté
Cours d'eau soumis à la loi sur l'eau en Saône-et-Loire (Est).
Cours d'eau soumis à la loi sur l'eau dans la Nièvre.
Cours d'eau soumis à la loi sur l'eau dans l'Yonne.
Cours d'eau soumis à la loi sur l'eau en Côte d’Or.
Cours d'eau soumis à la loi sur l'eau dans le Doubs.
Cours d'eau soumis à la loi sur l'eau dans le Jura.
Cours d'eau soumis à la loi sur l'eau dans le Territoire de Belfort.
Cours d'eau soumis à la loi sur l'eau dans la Haute-Saône.
Cours d'eau soumis à la loi sur l'eau en Saône-et-Loire (Ouest).