La région Bourgogne‑Franche‑Comté, sillonnée par de nombreux cours d'eau, est exposée au risque d'inondation. La zone de débordement de ses cours d'eau quadrille tout le territoire, si bien que la quasi-totalité des intercommunalités de la région sont concernées. Au cœur de la région, au confluent du Doubs et de la Saône, la zone à risque est très étendue et recouvre plus du tiers de la surface de plusieurs intercommunalités. En cas de crue, 8 % de la population régionale et 16 % de l'emploi salarié seraient directement menacés. Les personnes âgées ou vivant sous le seuil de pauvreté, proportionnellement plus nombreuses au sein des zones à risques que dans les zones épargnées par les crues, requièrent la plus grande vigilance, tout comme les 20 500 écoliers exposés au risque d'inondation dans leur école. Par ailleurs, l'appareil productif largement implanté près des cours d'eau rassemble environ 90 000 emplois. Au sein de la région, le degré d'exposition et la nature du risque diffèrent selon les territoires. Sept grandes villes font l'objet d'un suivi spécifique car elles concentrent une part importante de la population et de l'appareil productif potentiellement menacés. Mais le risque existe aussi en dehors de ces grands pôles, dans d'autres villes comme Besançon ou Sens, où le nombre de personnes et d'emplois exposés, même s'il est moindre, reste élevé. Dans certains pôles d'emploi locaux comme Joigny ou Gray, les emplois et l'appareil productif tournés vers l'industrie sont plus particulièrement menacés.